Методы классификации бактерии и их изменения
Цели и методы классификации бактерий меняются. Мельчайшие организмы, обнаруженные Левенгуком, теперь описали бы как палочки, кокки, вибрионы и спириллы. В системе Линнея эти организмы были сгруппированы как species dubiosa среди червей. К. Эренберг (1838) оставил за ними обозначения Мonas и Vibrio, данные О. Мюллером (1789) и добавил названия Bacterium, spirillum и Spirochaeta; впоследствии М. Перти (1852) ввел новые названия. Позднее Ф. Кон пришел к заключению, что бактерии являются особой группой мелких организмов. Он нашел сходство между цианобактериями (schizophyceae, «делящиеся водоросли») и бактериями (schizomycetes, «делящиеся грибы») и объединил их под названием schizophytae («делящиеся растения»). Таким образом, он впервые предложил считать бактерии отдельной группой организмов.
В 1909 г. С. Орла-Йенсен опубликовал в Koпенгагене работу «Естественная система бактерий». Литоавтотрофные бактерии были отнесены в ней к наиболее примитивным организмам и помещены в начало системы. Хотя эта система не составляла настоящего филогенетического древа, она имела важное значение как стимул для дальнейших исследований. На основе морфологических признаков естественную систему классификации создавали также А. Клюйвер, K. Ван Ниль и Р. Стейниер (1936, 1941).
Нумерическая таксономия, впервые предложенная в 1957 г., означала новый подход к классификации (Sheath, 1963, 1973). Он состоит в том, что большое число признаков подвергают компьютерному анализу с целью получения матриц подобия и дендрограмм, похожих на генеалогические деревья, но не имеющих отношения к генеалогии.
На основании дифференцирующих признаков, известных к 1961 г., Стойниер и Ван Ниль разработали «концепцию бактерий». В ней были введены термины прокариоты и эукариоты (предложенные еще B 1937 г. Э. Чаттоном), поскольку замечательные работы А. Райтера и Э. Келленбергера (1958), а также Э. Вольмана и Ф. Жакоба (1959), сделали очевидными основные различия в организации генетического материала между бактериями и другими организмами. Эта новая концепция нашла всеобщее признание.
Совершенно иной подход к созданию естественной системы бактерий был предложен Карлом Вёзе. Когда появились успехи в расшифровке аминокислотных последовательностей белков и нуклеотидных последовательностей нуклеиновых кислот, Вёзе предложил новую основу для построения филогенетического древа бактерий (1977). По результатам анализа нуклеотидных последовательностей все живые организмы были разделены на архебактерии (теперь - домен Archaea, археи), эубактерии (теперь - домен Bacteria, бактерии) и эукариоты (домен Eukarya). Полученное таким способом древо бактерий частично подтверждает давно известные взаимосвязи и, что более важно, выявляет новые.
Ни одну из предложенных классификаций нельзя считать совершенно удовлетворительной, поскольку они основаны на небольшом количестве свойств (например, последовательностях 16S-pPHK) и не учитывают значение горизонтального переноса генов у прокариот, в соответствии с которым требуется новое определение категории вида (с учетом «коллективного пула генов»).
